Chính quyền Lê-Trịnh không có sơ sở vững chắc trong dân[1] lại phải thường xuyên đương đầu với sự uy hiếp từ nhiều phía nên các chúa Trịnh đã sớm có ý thức hình thành một lực lượng quân đội thường trực đủ mạnh để tự vệ.

Thời chiến tranh với nhà Mạc, quân đội nhà Lê trung hưng tổ chức theo mô hình như thời Lê Sơ. Quân được chia làm 5 phủ và vẫn đặt chức Đô đốc phủ quân như trước, bên cạnh đó đặt dinh 5 khuông gồm: Trung khuông, Tả khuông, Hữu khuông, Tiền khuông, Hậu khuông.

Binh lính chỉ lấy từ Thanh Hóa và Nghệ An (bao gồm cả Hà Tĩnh ngày nay), các đinh tráng có sẵn tên trong sổ, khi có việc mới gọi ra.

Sau khi thu phục được Thăng Long (1592), nhà Lê tiếp nhận quân 4 vệ của nhà Mạc (Hưng Quốc, Chiêu Vũ, Cẩm Y và Kim Ngô) về hàng, cho nhập vào trong quân, tổng số quân thủy bộ có 12 vạn người[1].